Pécs történelme a Krisztus előtti időkig nyúlik vissza. Ezen a területen a rómaiak megérkezéséig több nép is élt, kelták, illírek, pannonok. A Krisztus születése körüli időkben foglalták el a rómaiak a Dunántúlt és szervezték meg Pannónia provinciát. Pécs római őse, Sopianae a birodalom fontos kereskedelmi útja mellett jött létre.

313-ban, Constantinus császár szabad vallásgyakorlatot biztosító rendelete után a város jelentős keresztény központtá fejlődött, amit a Székesegyház körüli ókeresztény sírkamrák bizonyítanak. 500 körül gyakorivá váltak a barbár betörések, majd a népvándorlás hullámai elsöpörték a római várost.

1009-ben István királyunk megalapította a pécsi püspökséget.

1367-ben Pécs történetének egyik legjelentősebb eseménye zajlott le. Nagy Lajos megalapította az ország első egyetemét.

1459-ben Janus Pannonius - eredeti nevén Csezmiczei János - pécsi püspök lett.

 A török 1543-ban foglalta el a várost és a templomokat mecsetekké alakította át. A város magyar és keresztény lakossága a városfalon kívülre szorult. Gyakori volt a tűzvész és a ragályos betegség.

1664-ben Zrínyi Miklós hadjárata során a zsoldosok elfoglalták a várost, de nem tudták  bevenni a püspöki várat.

1686-ban Badeni Lajos serege felszabadította a várost. A várba visszavonuló törököket ellátó vízvezeték tönkretételével vívta ki a győzelmet.

1710 és 1714 között pestisjárvány pusztított. Később kurucok és rácok pusztították Pécs lakosságát. A lassan újjáéledő városban a legjelentősebb építtető az egyház volt. Bővítették a püspöki palotát, barokk stílusú kanonoki házakat emeltek, templomokat, kolostorokat, iskolákat, polgárházakat és közhivatalokat építettek. A város keleti felén, Vasason megnyílt az első mecseki szénbánya, amelyet később további bányák követtek.

1771-ben a XVIII. század legkiemelkedőbb püspöke Klimo György nyomdát alapított, papírmalmot létesített, majd 1774-ben megnyitotta Magyarország első nyilvános könyvtárát.

1780-ban Mária Terézia megadja Pécsnek a szabad királyi város rangot és tovább folytatódik a polgári fejlődés.

Pécs legdinamikusabban az Osztrák-Magyar-monarchia idején fejlődött. Ekkor alapították a Zsolnay porcelángyárat, Litke József létrehozta a pezsgőgyárat, fellendült a szénbányászat, dolgozni kezdett a bőrgyár, a dohánygyár, később a sörgyár is.

 2000. november 31-án az UNESCO a világörökség részévé nyílvánította Pécs ókeresztény emlékeit.